नेपाल निजामती कर्मचारी संगठनको स्थापना वि.सं. २०४७ वैशाख ७ गते काठमाडौंको बबरमहल टेनिस कोर्टमा भएको हो। सोही वर्ष भाद्र २९–३० गते कीर्तिपुरमा प्रथम भेला सम्पन्न भयो। सरकारको निर्णयअनुसार वि.सं. २०४७ असार ११ मा संगठन स्थापना सम्बन्धी कार्यदल गठन गरियो र कार्तिक १९ मा संगठनले वैधानिक मान्यता प्राप्त गर्यो।
वि.सं. २०४७ फाल्गुण १७ मा विभाजनविरुद्ध सर्वोच्च अदालतमा रिट दर्ता भयो। पछिल्लो क्रममा, सर्वोच्च अदालतले वि.सं. २०५१ फाल्गुण ३० मा नेपाल निजामती कर्मचारी संघ प्रकृया नपुराई गठन भएको ठहर गर्यो। यद्यपि मन्त्रिपरिषद्ले वि.सं. २०५२ कात्तिक १९ मा सो संघलाई दर्ता अनुमोदन गरेको निर्णय वि.सं. २०५२ मंसिर २० मा दर्ता गरिएको रिटमार्फत चुनौती दिइयो। अन्ततः सर्वोच्च अदालतको पूर्ण इजलासले वि.सं. २०५८ श्रावण ३२ मा नेपाल निजामती कर्मचारी संगठन नै एक मात्र वैधानिक संगठन भएको फैसला सुनायो।
यसबीच वि.सं. २०५४ मा सार्क क्षेत्रका सरकारी कर्मचारीहरूको पहिलो संयुक्त भेलाबाट घोषणा–पत्र जारी भयो। 1998 November 5 मा संगठनले Trade Union International Public and Allied (TUI) को सदस्यता प्राप्त गर्यो र वि.सं. २०५१ मा पेसागत महासंघ नेपालको सदस्यता पनि प्राप्त गर्यो।
वि.सं. २०६४ पौष १८ मा नेपाल निजामती कर्मचारी संगठन निजामती क्षेत्रको राष्ट्रिय स्तरमा पहिलो ट्रेड यूनियनका रूपमा दर्ता भयो। पछिल्लो उपलब्धिमा, वि.सं. २०७३ जेष्ठ १९ गते भएको निजामती क्षेत्रकै पहिलो आधिकारिक ट्रेड यूनियन निर्वाचनमा संगठनले प्रथम स्थान हासिल गर्न सफल भयो।